Lange tijd is de oorzaak van brandend maagzuur niet duidelijk geweest totdat de rol van de ziekteverwekker Helicobacter pylori, dit is een bepaalde soort bacterie welke bij een heleboel mensen in de maag voorkomt en als een bacterie bekend werd die bestand is tegen maagzuur.
Het zuur dat zich in de maag bevindt is een agressieve vloeistof. Deze vloeistof is bedoeld voor het snel en doeltreffend verteren van voedsel. De maag zelf is echter bekleed met een dikke laag slijm waardoor deze goed beschermd is hiertegen. De slokdarm, dus het traject dat tussen de mond en de maag ligt, heeft een dergelijke bescherming niet waardoor deze wel kwetsbaar is voor het maagzuur. Doorgaans i de doorgang tussen de maag en de slokdarm dan ook afgesloten maar gaat open zodra er wat voedsel doorheen moet om vervolgens weer te worden gesloten. Hierdoor kan er geen maagzuur terugstromen vanuit de maag.
In sommige gevallen werkt de afsluiting tussen de maag en de slokdarm echter niet zo goed en kan er alsnog maagzuur in de slokdarm terechtkomen. Dit wordt reflux genoemd, in de volksmond eveneens terugstroming genoemd. Het gevolg ervan is een branderig gevoel dat bij veel mensen wel bekend is. Op het moment dat men vaak last heeft van een dergelijke terugstroming van de maaginhoud naar de slokdarm kan deze geïrriteerd raken door het maagzuur. Dit noemt men dan weer reflux oesofagitis, danwel een slokdarmontsteking.
Brandend maagzuur kan er hinderlijk zijn maar gaat in de meeste gevallen vanzelf weer over, hoewel er eveneens bepaalde zelfmedicatie voor te koop is om dit te verhelpen. Deze is verkrijgbaar bij de apotheek en de drogist.